Atuante desde 1957. Foi a primeira unidade fundada oficialmente no Estado de São Paulo e a terceira APAE do Brasil. É uma organização da sociedade civil, beneficente, sem fins lucrativos, com atuação nas áreas de assistência social, educação, saúde, prevenção, trabalho, profissionalização, defesa e garantia de direitos, esporte, cultura, lazer, estudo e pesquisa. Sua missão é contribuir para a inclusão social de pessoas com deficiência intelectual e transtorno do espectro do autismo, além de prestar apoio a suas respectivas famílias.

A APAE de Jundiaí vem aprimorando o conhecimento técnico de seus profissionais e ampliando sua estrutura física e capacidade de atendimento. Desde 2004, todos os serviços prestados são inseridos no Sistema de Gestão de Qualidade certificado pela SGS e fundamentado na ISO 9001:2015.